مع قيام الدولة الاتحادية واستقلالها في الثاني من ديسمبر عام 1971، توسعت المهام التي أوكلت للشيخ خليفة ، حيث تولى بالإضافة إلى مناصبه ضمن الإطار المحلي في إمارة أبوظبي أول منصب اتحادي ، حيث تم تعيينه نائباً لرئيس مجلس الوزراء الاتحادي وهو منصب كان يعني الكثير في بلد يحتاج إلى بناء شامل ، بدءاً من البناء السياسي الذي كانت تحيط به تحديات إقليمية عديدة، ومروراً بالتنمية الاقتصادية التي كانت تحاصرها قلة الموارد ، وانتهاء بالتنمية الاجتماعية التي تحتاج إلى جهود وموارد بشرية لم تكن متوفرة .

  على أن هذا الدور الجديد على جسامة ما فيه من المسؤوليات ، لم يقلل حماس أو دور الشيخ خليفة في العمل ضمن الإطار المحلي في أمارة أبوظبي ، حيث تمت إعادة تنظيم الجهاز الحكومي في الإمارة بما يتناسب مع قيام الدولة الاتحادية ، فالغي مجلس الوزراء المحلي، وتم إنشاء مجلس تنفيذي للإمارة ليصبح الشيخ خليفة رئيساً له .

   وبموجب هذا التنظيم تم تحديد بعض المجالات التي يتم الإشراف عليها محلياً ، فيما تم ضم بعض المرافق والخدمات المحلية للحكومة الاتحادية .

   وساهم ذلك التنظيم بتحقيق هدف مزدوج ، فمن ناحية تم تعزيز الكيان الاتحادي بنشر مظلة هذا الكيان لتشمل بعض المرافق المحلية ، ومن ناحية ثانية أبقى على نوع من اللامركزية في إدارة بعض الشؤون الحياتية اليومية .

   على أن توزيع المهام بين مهام محلية وأخرى اتحادية ، لم يلغ جوانب تداخل كثيرة ظلت تطبع دور الشيخ خليفة في حياة الإمارات . إذ إنه بحكم دور إمارة أبوظبي كأكبر الإمارات الأعضاء في الاتحاد وأكثرها موارد ، كانت تتولى إنشاء وإدارة كثير من المؤسسات الاتحادية والصرف عليها ، مما كان يعني إن دور الشيخ خليفة في قيادة جوانب مهمة من مسيرة العمل الاتحادي  ظلت قائمة حتى تركه منصبه كنائب لرئيس مجلس الوزراء الاتحادي في عام 1974.

  وقد ركز الشيخ خليفة على هذا المعنى مؤكداً على أن " بناء الدولة عملية مزدوجة ، فهي بناء القوة وقوة البناء، فبناء الجيش يسير جنباً إلى جنب وفي توازن تام مع عملية البناء الحضاري ".

   ويقول الشيخ خليفة " إن الثروة القومية يمكن أن تكون في مهب الريح إذا لم تتوفر لها قوة تحميها من أي طامع ".

  ويشير كذلك إلى أن " إرادة البناء تحرك فيه سعادة غامرة وتحفزه على المزيد من البذل والعطاء ".